二代测序在细菌性肝脓肿的应用
细菌性肝脓肿
细菌性肝脓肿（pyogenicliverabscess，PLA）是肝脏感染的常见疾病，占肝脓肿发病率的80%，病死率2%～12%。PLA是肝脏最常见的继发性化脓性疾病，常见感染途径有胆道、门静脉、肝动脉、隐匿性途径，开放性损伤和邻近感染导致的肝脓肿少见，但易被误诊及漏诊。
此病多发于中老年男性，20世纪80至90年代的平均患病年龄为47.3岁，马来西亚—年10年间79例肝脓肿患者的平均患病年龄为56.4岁。近年来PLA的发病率较前稍有上升，且复发率较高，特别是高龄合并较多基础疾病者。合并的基础疾病，以糖尿病和胆道疾病、肝硬化为主。多有文献报道糖尿病已成为肝脓肿的独立危险因素，糖尿病患者发生肝脓肿的概率是非糖尿病患者的3.6倍。
据报道，约30%PLA者患有糖尿病，糖尿病是PLA发生的独立危险因素。近10年来，肺炎克雷伯杆菌逐渐取代大肠埃希菌成为肝脓肿的第一致病菌。一篇有关我国PLA常见病原菌分布的荟萃分析结果显示，肺炎克雷伯杆菌是引起我国PLA的主要病原菌，所占比例为54%,在糖尿病合并PLA患者中比例更是高达66%。
临床表现
PLA是肝脏疾病中常见且严重的感染性病变,是细菌经胆道逆行、门脉系统和全身血液循环等途径造成的感染性疾病。高热、寒战、肝肿大及肝区疼痛等全身脓*性反应是其主要的临床症状，其中高热和寒战是最常见也是最早出现的症状，也有患者会出现厌食、腹泻、*疸、右侧胸腔积液等症状。由于该病症状存在非特异性，若不能及时诊断，将导致无法尽早治疗，错过最佳治疗时机，从而影响患者康复，甚至危及生命。
治疗
肺炎克雷伯菌中多数不产超广谱β内酰胺酶（ESBL），对碳青霉烯类、含β内酰胺酶抑制剂复合制剂、头孢菌素类敏感；大肠埃希菌中产ESBL菌仅对美罗培南、哌拉西林-他唑巴坦、阿米卡星敏感。产ESBL菌株可以通过接合、转化、转导等形式进行耐药扩散，医院交叉感染和院外耐药扩散。
在临床上怀疑肝脓肿，早期可选用第三代头孢菌素或含β内酰胺酶抑制剂复合制剂，待药敏结果回报后尽量选择窄谱抗生素，避免耐药菌株的产生。
二代测序检测
NGS是一种新兴的病原体检测技术,具有精准、快速、灵敏度高、可定量分析的优点。近年来NGS被广泛用于多种感染性疾病的诊断,均表现出良好的诊断性能。目前,二代测序在感染性疾病方面的研究仍集中于病原体鉴定,在感染性疾病诊断中,其准确、非选择性的特点较好地补充了传统病原学诊断方法的不足,有一定的临床应用价值。然而,在病原体序列数与病情变化的相关性方面的研究较少,其定量分析优势尚未发挥。Ai等人报道了4例具有类似中枢神经系统感染症状的病例,其中NGS既用于未知病因诊断,又用于对中枢神经系统感染中病原菌负荷的动态定量监测,密切反映了疾病的进展情况。Yong-fengHu等人采集1例甲型流感(H7N9)病*感染后患者不同时间点支气管肺泡灌洗液行二代测序检测,通过病*载量变化评估抗病*治疗效果,此外,监测到病*序列数明显减少时,出现鲍曼不动杆菌序列,且随着病*序列减少而增多,揭示病*入侵后继发细菌感染,指导临床给予针对性治疗。
检测病原体范围包括病*、细菌、真菌和寄生虫等检测的标本类型包括脑脊液、胸腔积液、腹腔积液、关节腔积液、肺泡盥洗液、痰液、浓汁、血液、组织等。近年来，诸多研究发现mNGS在多种部位感染的病原体诊断中发挥重要作用，研究覆盖了中枢神经系统感染、肝结核、关节腔积液感染、肾上腺脓肿、特殊病原体肺炎等。
在对肝脓肿的研究上，我们利用NGS可以得到具体的细菌感染情况，NGS不依赖病原体分离培养,能够准确、高效地获得病原体的基因信息,可以得到样本中丰度较低甚至是微量病原体信息，从而可以对症下药，早日帮助患者康复。
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